تم تنظيم المكتب الوطني للاستشارة الفلاحية وهيكلته لتلبية مهام المجلس الفلاحي ولضمان التكامل المناسب للمكتب في بيئته المؤسسية. ويتم ذلك من خلال احترام التقسيم الجغرافي للكيانات اللامركزية في وزارة الفلاحة والصيد البحري والتنمية القروية والمياه والغابات وغرف الفلاحة، من خلال تجميع الموارد المادية بين كيانات المكتب الوطني للاستشارة الفلاحية والكيانات اللامركزية في الوزارة و كذلك من خلال تلبية طلبات مختلف الجهات الفاعلة من حيث التمثيل والعمل بما يتماشى مع عملية الهيكلة الإقليمية.
ولدى المكتب حالياً أكثر من 300 مركز استشاري فلاحي ، و 50 خدمة إقليمية ، و 12 مديرية إقليمية بالإضافة إلى 3 مديريات مركزية ومديرية عامة. كان الهدف الرئيسي دائمًا هو تنفيذ نظام استشاري فلاحي محلي منهجي قائم على النتائج، مع أهداف واضحة ومحددة. لتحقيق ذلك ، تم اعتماد منهجية إقليمية متكاملة لتقديم المشورة الفلاحية كما تقييم الإمكانات والاحتياجات بشكل صحيح.
